Tuyến đường duy nhất nối đảo với phần còn lại của Nhật Bản là Đường hầm Seikan. Hầu hết du khách đến đảo bằng máy bay. Sân bay chính của Hokkaido là Sân bay Chitose mới ở Chitose sát phía nam của Sapporo. Tokyo-Chitose là một trong 10 đường bay bận rộn nhất thế giới, với 45 chuyến khứ hồi thuộc 4 hãng hàng không mỗi ngày. Một trong các hãng đó là Air Do được đặt tên từ Hokkaido. Hokkaido có thể tới bằng phà từ Sendai, Niigata và một số thành phố khác, tuyến phà đến Tokyo chỉ chuyên chở hàng hóa. Hokkaido Shinkansen đưa hành khách từ Tokyo đến Hakodate trong hơn bốn giờ.

Bên trong Hokkaido, có một mạng lưới đường sắt khá phát triển (xem Công ty đường sắt Hokkaidō), nhưng nhiều thành phố chỉ có thể đến bằng đường bộ

Hokkaido là quê hương của một trong ba Đường Melody của Nhật Bản, phát nhạc qua các rãnh dưới đất.[33][34]

Các tuyến đường sắt than được xây dựng xung quanh Sapporo và Horonai vào cuối thế kỷ 19, theo lời khuyên của kỹ sư người Mỹ Joseph Crawford.[9]